Архитектурной доминантой и душой второй Омской крепости был Военный Воскресенский собор.

Поскольку вновь возводимой крепости отводилось центральное место в Сибирской пограничной линии, то и новый крепостной храм должен был иметь вид, размеры и архитектуру, символизирующую мощь российского государства на границе с кочевым миром. За разрешением на возведение каменной трехпрестольной церкви во имя Спасительного Воскресения Христова командир Сибирского корпуса, генерал-поручик Иван Иванович Шпрингер обратился к митрополиту Тобольскому и Сибирскому Павлу.

В 1764 году разрешение было получено. Однако закладку церкви произвели лишь 8 июня 1769 года. Возглавить строительство было поручено тобольскому ямщику Ивану Черепанову, как «человеку, знающему в архитектуре каменного строения». В 1769 году сибирские зодчие Иван и Кузьма Черепановы заложили фундамент храма. К сентябрю 1773 года вновь построенная крепостная церковь засияла в своем великолепии. Финансировали строительство собора военные. Они же и составляли основную массу прихожан. На протяжении более 120 лет Воскресенский собор являлся одним из главных духовных православных центров прежде всего для лиц служилого сословия. Вот почему он и именовался «Военным». В 1895 году Воскресенскому собору было суждено стать первым кафедральным собором только что образованной Омско-Семипалатинской епархии. Таковым он оставался до дня освящения градоомского Успенского кафедрального собора, то есть до 9 сентября 1898 года.

Крепостной храм славился высокой шатровой колокольней. Уникален был иконостас собора с иконами художественного письма в серебряных ризах. Именно с Воскресенским собором связана память о воинской доблести омичей. Здесь получали благословение Сибирские полки, уходившие на Бородинское сражение в 1812 году. Воскресенский собор являлся культурно-просветительским и благотворительным центром Омска. Здесь служили известные в Омске протоиреи Дмитрий Пономарев (был духовником Ф.М. Достоевского) и Стефан Знаменский (первый омский святой в Соборе Сибирских Святых). На богослужениях в храме бывал и ссыльный каторжанин, впоследствии ставший цветом и гордостью русской литературы Ф.М. Достоевский. В 1856 году в Соборо-Воскресенской церкви крестили М.А. Врубеля. 14 июля 1891 года в храме молился будущий император всероссийский Николай II, а 10 сентября 1905 года здесь служил Божественную литургию святой праведный Иоанн Кронштадский. Воскресенская церковь стала прародительницей Омского архива, библиотеки и музея. Духовной библиотекой храма могли пользоваться представители всех чинов и сословий города. Были в соборной церкви и особо чтимые реликвии: напрестольное облачение, крест, дискос и Евангелие, пожертвованные храму самой императрицей Екатериной II, а также три казачьих знамени, относящихся к 1711 году. В 1897 году при соборе была открыта школа. А с 1906 года здесь существовал приют-школа для сирот нижних воинских чинов Омского военного округа, убитых в войну с Японией. В 1927 году храм был закрыт. Окружные власти передали здание собора под клуб военным, которые варварским способом приспособили его для своих нужд. Верхнюю часть храма и колокольню разобрали, иконостас сломали, а каменную чугунную ограду вокруг храма снесли. В городской музей попали лишь некоторые реликвии, хранившиеся в соборе. Одной из них является Евангелие, пожертвованное в 1774 году православным омичам Императрицей Екатериной II. Здание поруганного собора окончательно было стерто с лица земли в 1958-1959 гг. в связи со строительством жилого дома по соседству. Последние годы перед сносом храм использовали как склад Картографической фабрики.

Идея воссоздания первого омского каменного строения была одобрена региональным правительством, утверждена решением архитектурно-градостроительного совета области 9 июня 2009 года. Правительством Омской области было принято постановление о воссоздании Воскресенского собора, что позволило включить данный объект историко-культурного наследия Омской области в адресную инвестиционную программу, объявить конкурс на проектирование, а затем и на его строительство. Воссоздание памятника истории и культуры – Воскресенского собора – станет главным этапом реализации проекта реконструкции Омской крепости.